有害物質とは、生物の体内に入り悪い影響を与える物質のことです。
水質に関する環境基準（健康項目）では、26種類の物質について基準値が定められています。

また近年では、ダイオキシン類対策特別措置法（平成12年1月施行）により、ダイオキシン類に基準値が設けられました。 ダイオキシン類は、ポリ塩化ジベンゾパラジオキシン（PCDD）、ポリ塩化ジベンゾフラン（PCDF）、コプラナーPCB（CO-PCB）からなる三種類の化合物群の総称で、その多くはゴミなどを燃焼する際に発生し、催奇形性や発ガン性をもつといわれています。

上記以外に、現在注目されている有害物質は、内分泌攪乱化学物質（環境ホルモンとも呼ばれる）です。 生物の生体内でホルモンに似た働きを行い内分泌系（ホルモンを分泌する器官）を攪乱する化学物質の総称です。これらの物質が原因と考えられる貝類や魚類のメス化現象、哺乳類の生殖器異常などの異常現象が報告されています。