川は、汚れた水をきれいに戻そうとうする自浄機能をもっています。
汚れた水が流れると、川底の石が汚れを捕らえ、石のまわりにいる微生物が汚れ（有機物）を食べて分解します。また、流れの早い瀬では、微生物に必要な酸素を取り込み、淵水の汚れを沈殿させます。

「三尺流れれば水清し」という諺は、川に少し汚れた水を流しても、川の自浄機能できれいになることを喩えたものです。